ReaxTools Web附加参数说明

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-t [元素符号,元素符号...]

值类型:英文逗号分隔的字符串,默认值:无
当使用lammpstrj文件或无元素符号标记的xyz文件时,定义type 1,2,3...对应的元素符号。
务必注意:1.英文逗号,2.参数内无空格。
正确:-t C,H,O,N
错误:-t C,H,O,N (中文逗号)
错误:-t C H O N(应使用且仅使用英文逗号)
错误:-t C, H, O, N(多余的空格)
错误:-t C,H,O(实际有4个type而缺少)
其他类似格式的参数同样注意

-r [vdW半径缩放因子]

值类型:浮点数,默认值:1.2
van der Waals半径判据的缩放因子。默认值1.2与OVITO create bonds一致,适合一般有机物和无机物体系。
调小这个值会使得判断更严格,容易判断出更小的分子、分子碎片,反之亦然。具体看体系尝试。

-tr [元素符号:半径] [元素符号:半径]...

值类型:字符串和浮点数,默认值:见defines.cpp
设置特定元素的vdW半径,可以使用多次,例如-tr N:1.5 或-tr H:1 N:1.5。
与-r效果叠加。

-tv [元素符号:化合价] [元素符号:化合价]...

值类型:字符串和整数,默认值:见defines.cpp
设置特定元素的化合价,可以使用多次,例如-tv N:4或-tv N:4 S:6。
同时定义-tr和-tv会创建新的元素类型,例如-tr D:1.05 T:1.05 -tv D:1 T:1相当于创建了氢的同位素氘和氚,配合在输入文件里将一些H标记为D和T,可以实现原子的标记和追踪。
使用自定义元素类型时建议使用较小的轨迹先行尝试。

-me [元素符号]

值类型:字符串,默认值:不使用
对物质含量统计,进行按元素含量的归纳。需要与-mr共同使用。
例如,-me C -mr 1,4,8,16会将所有含C的物质归纳到C1-C3、C4-C7、C8-C15、C16+四个组。

-mr [范围值,范围值,范围值...]

值类型:英文逗号分隔的整数,默认值:不使用
元素含量的归纳的范围,左闭右开区间。需要与-me共同使用。
例如,-me C -mr 1,4,8,16会将所有含C的物质归纳到C1-C3、C4-C7、C8-C15、C16+四个组。

-rc

值类型:无,默认值:不使用
进行元素含量归纳后,对物质组的输出数量进行重算,输出该种元素的原子数而不是分子数。
例如,开启-rc后,C16+平均含量由10.5变为250。

--order [元素符号,元素符号...]

值类型:英文逗号分隔的字符串,默认值:有机物相关元素优先(C,H,O,N,S,F,P),其余按原子量。
重命名化学式,按照给定的顺序。
例如,定义顺序为H,N,O,则HO3N变为HNO3。

-norr

值类型:无,默认值:不使用。
不对互逆的反应进行自动抵消。
例如,H2O ⇌ OH,其中H2O → OH = 50, OH → H2O = 40,不开启时,H2O → OH = 10,开启-norr后,保留原本的一对反应。

--max-reactions [数量]

值类型:整数,默认值:60。
reactions.dot默认输出的反应数,也是网页版默认绘制的反应数。
无论如何,如果有更多反应,reactions_full.dot会保存所有。