值类型:英文逗号分隔的字符串,默认值:无
当使用lammpstrj文件或无元素符号标记的xyz文件时,定义type 1,2,3...对应的元素符号。
务必注意:1.英文逗号,2.参数内无空格。
正确:-t C,H,O,N
错误:-t C,H,O,N (中文逗号)
错误:-t C H O N(应使用且仅使用英文逗号)
错误:-t C, H, O, N(多余的空格)
错误:-t C,H,O(实际有4个type而缺少)
其他类似格式的参数同样注意。
值类型:浮点数,默认值:1.2
van der Waals半径判据的缩放因子。默认值1.2与OVITO create bonds一致,适合一般有机物和无机物体系。
调小这个值会使得判断更严格,容易判断出更小的分子、分子碎片,反之亦然。具体看体系尝试。
值类型:字符串,默认值:不使用
对物质含量统计,进行按元素含量的归纳。需要与-mr共同使用。
例如,-me C -mr 1,4,8,16会将所有含C的物质归纳到C1-C3、C4-C7、C8-C15、C16+四个组。
值类型:英文逗号分隔的整数,默认值:不使用
元素含量的归纳的范围,左闭右开区间。需要与-me共同使用。
例如,-me C -mr 1,4,8,16会将所有含C的物质归纳到C1-C3、C4-C7、C8-C15、C16+四个组。
值类型:无,默认值:不使用
进行元素含量归纳后,对物质组的输出数量进行重算,输出该种元素的原子数而不是分子数。
例如,开启-rc后,C16+平均含量由10.5变为250。
值类型:英文逗号分隔的字符串,默认值:有机物相关元素优先(C,H,O,N,S,F,P),其余按原子量。
重命名化学式,按照给定的顺序。
例如,定义顺序为H,N,O,则HO3N变为HNO3。
值类型:无,默认值:不使用。
反应网络中,对于互逆的反应,抵消其中一个或两个。
例如,H2O ⇌ OH,其中H2O → OH = 50, OH → H2O = 40,开启-rr后,仅保留H2O → OH = 10。